明朝熹宗年间，宦官魏忠贤心怀叵测，图谋陷害忠良。东林党人顾宪成等义士心系国家，欲将“羊皮密卷”呈交熹宗，但未能如愿。在此期间，诸多忠良遭到魏忠贤的残害，唯有顾宪成的小女儿小云，带着“羊皮密卷”，勇敢地逃往山野，寻求庇护。小云来到钱家寻求庇护，然而钱员外贪婪欲利，想向东厂告密。幸好，小云得到了幼女玲玲和小胖的帮助，逃出生天。一位神秘的道士名为“不知道人”飞身将小云救走，并夺回了被钱员外夺取的“羊皮密卷”，将小云藏匿在一废弃的庙宇中。
在庙中，小云结识了一名小乞丐石头，并与他一同混迹市井，寻找其他忠良后代。他们在旅途中结识了顽童小豆子和鼻涕虫。在困境中，一位野道士通过“飞叶传书”秘密引导他们前往少林寺寻求庇护。抵达寺门前，他们与另一名忠良遗孤高天鹏相遇。少林寺慈悲收留这些孩子，并交给青草大师带领。一天，小云随至善出外学习剑法，却被魏忠贤的手下认出，并陷入了激战。幸得神秘道士相助，击退了杀手。消息传来，魏忠贤下令围攻少林寺。青草大师和至善护送孩子们离开寺庙，而寺庙的方丈被捕作人质。为了解救方丈，小云私下下山，却陷入了重重围困之中。在生死关头，道士、笑痴僧、青青和苗苗等人赶来相助。然而，道士不幸战死，而小云也中了毒箭，最终跌入井中殒命。
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