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柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。

 哈佛新闻系学生马特（Elijah Wood 饰）由于舍友在他的衣柜里藏毒，被校方开除，无助的马特无法联系远在喀布尔的父亲，只好打包投奔伦敦的姐姐。 姐夫斯蒂夫态度很不友好，把马特塞给了弟弟皮特（Charlie Hunnam 饰），皮特是西汉姆联队球迷组织GSE的领袖，他很快让美国佬马特见识了英国球迷的热血，马特体内的懦弱伴随着他挥向敌对球迷的拳头消失了，皮特让他逐渐融入这充满啤酒跟暴力的环境。 GSE成员包瓦为人极端，始终对马特怀有敌意，当他发现马特以及马特的父亲都与球迷组织最为厌恶的记者身份有关联时，不惜一切代价要驱逐马特。而此时，马特正惊奇的发现姐夫是GSE前任领袖，在酒馆外，一场球迷间的暴力冲突正在酝酿……

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。