此為TV版動畫第三部，從1997年4月4日至1997年9月26日放映，全26話。 此作完全脫離原作，為動畫原創故事，原創的角色也很多。由於是動畫原創，部分設定和原作設定相矛盾，並且原本的主角：莉娜等人的存在變成了半個旁觀者。故事走向太過於沉重路線，和原作原本的作風相距甚遠，所以沒有受到與前二作相等的評價。
托马斯和他的朋友们，这一季超级精彩！托马斯在中国，小火车红梅和勇宝是他的好搭档，他们都在争当邮件列车，可是，托马斯发现自己多么思念多多岛上的培西呀！做梦也梦见了他，陪他一起开过中国的长城…… 思念是美好友谊的“甜蜜负担”，这该怎么办呢？托马斯在巴西，深深地被巴图卡达这种奇妙音乐感染，爱上了巴西的嘉年华大派对，以至于他渴望自己也能发出这样的音乐，让乘客更加享受火车之行…… 这能做到吗？托马斯在意大利，和大家一起准备开挖古罗马的宫殿，却发现挖掘机艾斯特孤零零地在做另一项工作，托马斯想说服艾斯特：“我们都需要团队合作”，新的一季，托马斯带来更多有趣的朋友们，从多多岛到世界各地！小朋友，快来认识他们吧，你会学到更多！
这是一个亦真亦幻的世界，梦境和现实完美的对接。很多东西并不是建造出来，而是由每个梦主人用意识所创造的，你有多相信这个梦境，它就有多真实。生活在这个世界里的人基本是分不出现实和梦境的，他们穿梭在现实，别人的梦境，甚至自己的梦境中而不自知。用自己的意识影响别人，也同时受别人影响，整个世界因梦而改变着，变美好，变邪恶。
2048年，灵云系统作为“智能脑大众化应用”的首例，在蜃泉市城市范围内试用。当日灵云系统发布会的事故引发了其创始人周童，赵飞白以及儿时挚友阿依古丽，艾孜买提之间的理念情感纠葛。为达成自己的目的，周童将赵飞白，阿依古丽和艾孜买提的“脑意识”被封闭在灵云系统内的沙盒空间，却无意间触发了系统的“初始智能AI”------露可可的启动。一切皆联系于当年四人记忆中的“印迹”游戏，一场以“人心羁绊”为代码的智能危机在现实和虚拟世界之间展开
一次意外，让不被父亲后母待见的女孩岳霖失去了存在以及容身之所，唯一作为慰藉的是已故母亲设计的玩偶——兔子先生。当玩偶化为一名神秘男子向她伸出接纳的手时，一场奇幻旅行即将开始……
阿狸发现这个世界上有许多人，虽然经历了成长，但是丢失了童心，变得困惑麻木和孤单。阿狸通过经历和冒险去帮助他们找回信心。期间帮助了贪吃的大仓鼠重新找到自己的定位和价值，帮助拾荒的地精收集了星星并送回天上。阿狸和桃子大熊误入了一个神秘的棋盘，通过智慧和勇气打败了骄傲的象棋白皇后。阿狸帮助了一个失去伴侣的坏脾气先生，找到失去的爱情和回忆。在小镇的剧场里，阿狸了解到了提线木偶的理想是当一个舞蹈家，阿狸鼓励他勇敢地追求自我，不要害怕失败。最终提线木偶受到了命运的眷顾。
叶星云师傅羽化仙去，留下了一个势力庞大的天元神宗，叶星云成为了天元神宗新一任宗主，同时以狸猫换太子的手法，变成了一个小世家的子弟，隐匿其中，静待复仇的机会。叶星云踏上了一条无比凶险的路，但是凭借着自身的谋略，和天元神宗一众高手们的辅佐，纵横捭阖，运筹帷幄，对抗庞大的大周王朝。
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