父亲和母亲离婚之后，少年凯（下田翔大 配音）跟随着父亲返回了依山傍海的老家，和以做伞为业的祖父一起开始了新的生活。家庭的变故让凯闷闷不乐，只有在编曲的时候，凯才能够找回一点点久违的快乐。游步（寿美菜子 配音）和国夫（齐藤壮马 配音）发现了凯的音乐才华，热情的邀请他加入他们的乐队“塞壬”。
　　某天夜里，凯所演奏的乐曲吸引来了一只名为露（谷花音 配音）的人鱼，很快的，露和凯便成为了朋友。可是，在村子里，人鱼是不祥的象征，它们的出现往往预示着灾难和死亡。终于，露的身份还是曝光了，小镇上的居民们很快便分为了两派，一派被露天真无邪的舞姿所打动，而另一派则坚决的想要将人鱼驱逐出人类的世界。

　　小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。
　　地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。