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眼见与蛋头博士的一场激战导致宇宙崩毁，刺猬索尼克必须急速穿越平行时空，寻找失去联系的朋友，携手拯救世界。

阿斯嘉特大战已经过去五年，世界在金蝰蛇和“东安联”的支配下，维持着虚假而脆弱的和平。瑞为了复活赫雅重现商都，试图找到被金蝰蛇集团独吞的“圣柜线索”。然而一个与II型文明息息相关的神秘组织“黄昏使者”，早已经盯上了圣柜和瑞......

他们拥有梦想。                                                                      　　总有一天，飞向广阔天空的梦想。                                                                      　　知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。                                                                      　　遥远的未来。                                                                      　　人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。                                                                      　　在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。                                                                      　　孩子们就住在那里。                                                                      　　对外面的世界一无所知。                                                                      　　对自由的天空一无所知。                                                                      　　他们被告知的使命，只有战斗而已。                                                                      　　敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。                                                                      　　为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。                                                                      　　他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。                                                                      　　有一位曾被称作神童的少年。                                                                      　　代号016。名字是广。                                                                      　　但他现在却跌落谷底。                                                                      　　是不被人需要的存在。                                                                      　　如果没有乘上FRANXX，就如同不存在一样。                                                                      　　在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。                                                                      　　她的额头，长着两根艳丽的角。                                                                      　　“——找到了哦，我的DARLING”

故事发生在每晚都能够看到流星的城市——星之丘。长久以来，自幼生活在那里的少年石蕗正晴（野岛裕史 配音）都为自己内向而羞涩的个性所苦恼，因为这性格，正晴甚至都无法交到任何的朋友，于是，改变自己并且交到朋友，这成为了正晴目前最大的目标。                                                                      　　一次偶然中，正晴喝下了魔法果汁，并且因此而获得了在夜间变成可爱小绵羊的超能力！抓狂的正晴被告知，只有收集所谓的“星之露”，才能够让他恢复正常，而唯有某个拥有特殊魔法的少女才有收集星之露的能力。让正晴感到震惊的是，那个魔法少女不是别人，正是他一直暗恋着的女孩秋姬素桃（结本满 配音）。