海贼王女

A.D.2199 Dec                                                                      　　一年の締め括り、街は新年への期待で活気づいていた。                                                                      　　そんな最中をSS級の統制機構反逆者にして史上最高額の賞金首、「ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ」が第十三階層都市「カグツチ」に出現したという情報が走り抜ける。                                                                      　　対象「ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ」は別名「死神」と称され、その行動目的は統制機構の壊滅といわれている。                                                                      　　対象に懸けられた高額な賞金や彼の所有する絶対無比の力を持つ魔道書を狙い、様々な者達がここ第十三階層都市「カグツチ」に集結する。

18岁浪人（重考生）由瑠芽从乡下出来寻梦，准备去东京的补习学校进行重读。入住了远离东京城区的“希望宅邸”，这个名为“宅邸”的地方其实只是个虚有其名的破烂公寓。而住在里面的民民全部都是被习生，但大学入学者为零。由瑠芽与川野纱江、田中久实、以及从小就有张大叔脸的松吉这四人，不知道是幸运还是不幸地意气投合，一起过起了“遗忘人生辛劳”的悠闲人生。而努力学习……多半是没有做过的。究竟这四人能不能考进大学呢？本作描写了他们在那样的公寓里悠哉生活的有趣故事。

樋口健太郎（泽城美雪 配音）的双亲在幼年时因车祸而去世，性格内向沉默寡言的他在学校里并不活跃，唯一的好友便是外表帅气成绩优秀的绫小路天（斋贺弥月 配音）。某日，一个叫做美纱（田村由里香 配音）的女孩出现并改变了健太郎的生活，她住在健太郎的隔壁，性格活泼又开朗，而她的真实身份，居然是实习天使。                                                                      　　美纱的开朗渐渐的感染了健太郎，而此时，外表可爱的实习恶魔紫亚（野上由加奈 配音）也来到了人间。个性迷糊的她失去了自己的记忆，寻找这段记忆，即是她此行最大的目的。健太郎和他的天使朋友们度过了一段有笑有泪的美好生活，然而，令他想不到的是，转眼间，注定的分别就已经来到了眼前。

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。                                                                      　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。                                                                      　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……