平静的一天，警局却突然出现了大骚动。原来古畑任三郎（田村正和 饰）下落不明，引来各方恐慌与猜测。据古畑刑警的好搭档今泉慎太郎（西村雅彦 饰）的描述，古畑在解决完二叶凤翠（山口智子 饰）的案件后（SP しばしのお別れ），只身前往别庄，也就是漫画家小石川千波（中森明菜 饰）的别墅（第一回 死者からの伝言），从此便消失无踪。为了查明真相，警方调查了小石川千奈美、中村右近（堺正章 饰）、黑田清（石黒賢 饰）等所有古畑抓获过的犯人，他们有的对古畑感恩有加，有的对其愤恨不已，然而却始终找不到丝毫有用的线索。最终的结果却令人捏了一把汗……
　　本片为1996年上映的总集篇。

母亲死后，原本生活在被大量外国移民视为淘金天堂的“元都”少女被送到妓女固力果（卓娜）处，将少女暂时收留后，固力果依据纹在胸前的蝴蝶给她取名凤蝶（伊藤步）。不久，凤蝶在固力果的带领下于名为“青空”的废品安置区兼汽车修理站，结识了火飞鸿、狼朗等来自不同国家的“元盗”，并逐渐与他们熟识成为好友。                                                                      　　一盘录有美国歌曲《My Way》并隐藏有制造伪钞磁性感应资料的磁带令众人一夜致富，而在发财后，他们也开始走上不同道路，其中有出色演唱天赋的固力果被唱片公司签下，并在公司逼迫下与大伙断了关系。而磁带的主人，黑社会老大刘梁魁（江口洋介）得知磁带下落后，开始派手下追杀火飞鸿、固力果等人，众人的命运开始相互牵制。

可可（卓娜）掐死孪生妹妹后被父母送进了精神病院，在这个“特殊”的地方，用一身黑乌鸦毛扮天使的她结识了卷毛（浅野忠信）和小悟（桥爪浩一），三人成为好友。卷毛因失手杀死了屡次侵犯他的变态老师被送到这里，噩梦自此伴随，小悟则是脱离现实的妄想狂。                                                                      　　某天可可和卷毛沿着医院的围墙走到了外面的世界，教堂里的圣歌声令他们停下脚步，得到一本由一位好心牧师所送的《圣经》后，卷毛认定世界末日即将来临，而可可觉得自己死亡的时刻才代表真正的世界末日。其后，三人再次爬上医院的围墙，结伴去等世界末日的降临。

年届半百的征三拜访双胞弟征彦的画坊，两人为一本画册，遍访记忆中梦幻的村庄，将时光倒叙至童年生活──1948年，自小有画画天份的□生兄弟，因母亲兼老师的教学态度，使村内同学对他俩轻蔑及冷嘲热讽，于是二人独自游玩，与大自然为伴，以抒发心中情绪；母亲的教育，把孩子对人、事、物的好奇，变成自然的成长……

　　中年男子杉山正平（役所广司饰）是名普通的上班族，他工作认真，事业有成，却发觉朝九晚五的生活空虚无味。一天下班，疲劳的杉山偶然透过车窗看到车站对面，一家贴有“岸川舞蹈学校”字样的楼房窗旁，有一位相貌清秀女子的身影，看着那女子凝望远方，杉山被她那寂寞的表情所深深地吸引。
　　数日之后，抑制不住好奇心的杉山走进了这家舞蹈学校，开始学习交谊舞。他所看到的那个女子正是这个舞蹈教室的老师岸川舞（草刈民代饰）。杉山渐渐地真心喜欢上了跳舞，一样享受舞蹈带来的快乐还有青木（竹中直人饰）等人。他们在指导下进行舞蹈大会前的特训，而舞老师也再次燃起对舞蹈的热爱……

　　小马（金子贤饰）和新志（安藤政信饰）是一对好朋友，他们喜欢在操场上一起踩辆单车。作为“坏学生”的他们，总是跷课闲逛、捉弄老师、欺负同学等等。
　　有一次小马被人揍打，对方是一个经常被他欺负的学生找来的拳击手。受到打击的小马开始学习拳击，想要争口气。新志也跟着学，没想到他却更有练拳的天分。后来小马放弃学拳，加入了黑帮当小弟。而新志却发奋练习，并有所收获。等待他们的又将是什么样的未来呢？
　　几年后，小马和新志在街头巧遇。几年间发生的事情让他们改变了不少，又似乎什么都没变，两个坏孩子再度回到昔日的校园。

　　可怜的今泉慎太郎（西村雅彦 饰），由于饱受精神和肉体的折磨，最终令自律神经失调症进一步加重。为了治疗病症，他报名拜入前卫花道家二叶凤翠（山口智子 饰）的门下学习插花和舞蹈。凤翠原是花道家二叶凤水（長内美那子 饰）的得意门生，后因自立门户致令师徒失和。凤翠在花道的基础上融合了舞蹈的表现形式，引起了广泛的关注，她准备举行一次表演，而一向表现糟糕的今泉竟然被选中参加演出。发布会期间，凤水前来道贺，师徒的关系似乎出现缓和的态势，然而凤翠却试图趁机杀死这个对自己有着颇多微词的师父。适逢古畑任三郎（田村正和 饰）前来观看今泉的表演，他成为了这起杀人案件的见证者……
　　本片为《古畑任三郎》系列最受好评的SP，收视率34.4%。

　　在日本理工大学主讲有机化学的右田教授（升毅 饰）堪称魔鬼教师，一旦发现学生考试时作弊，他一律严惩不贷。不过右田并非什么人品高尚的人，他一方面剽窃鲶田教授（麿赤児 饰）的文章，将别人的成果据为己有，另一方面收受贿赂，打算拆掉具有悠久历史的宿舍楼改建宾馆。
　　为了保护宿舍，力丸（山本太郎 饰）、木村（山口達也 饰）以及可爱的由美（安室奈美恵 饰）等几个问题学生与右田达成协定，只要他们所有人的考试成绩都为A，就可保住宿舍。但对于平时不认真学习的这些人来说，这个要求无疑有些苛刻。为了能够达成目标，他们开动脑筋，展开了史上最大的作弊战……
　　本片根据谷俊彦原作《東京都大学の人びと》改编。