时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。
　　与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），众人开启了调查。
　　一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。
　　挺身而出的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。
　　为了守护大家的笑容，特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼（平野宏周 饰）、伊格尼斯/黑暗特利迦（细贝圭 饰），将一同投身这场光与影的大决战！

　　率领神魔众生征战天道的上古战神辰南，历经万载沉睡后从雪山之巅的墓群中苏醒，神力和记忆都已封闭，在与守墓人的一番激斗跌入断崖后，无意间误入楚国地界，最终为探寻身世之谜，为解封自身神力，最终踏上了拯救天下苍生的道路。

　　繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……
　　本片根据同名经典漫画改编。