在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。

　　久利生公平（木村拓哉饰），初中退学的不良少年，阴差阳错竟通过了司法部的考试，成为合格的检察官。经常穿着牛仔裤和皮衣，不按规章制度独自一人办事的他被调往东京地检城西支部的刑事部，开始了检察官工作。
　　在这里，他遇到了雨宫舞子（松隆子饰）事务官。雨宫舞子一直希望自己有朝一日能成为副检察官，所以平日里对上司言听计从。原本她在听说会有一位优秀的检察官调入自己部门而高兴，但当看到不修边幅的久利生，尤其是他破天荒似的办案方式让舞子大吃一惊，与失望之余与他发生了许多冲突。
　　其实，久利生公平只是按照自己的想法认真地办案，他以自己的方式解开了诸多案件。这也赢得了同事们的认可，与雨宫舞子的爱。

　　在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……
　　本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。

　　明永乐年间，朱棣即位，励精图治数年，全国风调雨顺，可谓是难得的太平年代。平一姑（潘洁 饰）携子平常（孙耀威 饰）与浪子王九（李立群 饰）浪迹京城，靠平庸医术行骗赚钱。王九低劣医术夺走平常挚爱的肉身凡体，靠捕头相帮开设医馆，平常则做了其大弟子，并收日本人竹野幸福（罗志敏 饰）为徒。王九与房东盈不足（黄小燕 饰）日久生情，心中却始终挥不去亡妻芍药（张茜 饰）的身影。平常与农草堂（仼泉 饰）参加太医院考试，双双被录用，可平常仍怀念市井生活的逍遥自在。一姑被段天命（王群 饰）要挟，不敢与儿子草堂相认，原来平常是当年被人错抱的医神金农匮（王德顺 饰）之子......

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

　　在平静的天湖岸边，白浪滩突现浮尸，疑雾重重，这到底是谁干的呢？实力雄厚的 北方公司当家人老太太离奇死亡，干警们经过调查，怀疑凶手就是她的儿子，但他 又突然被人谋杀，整个案情更加扑朔迷离。周围的每一个人都可能是凶手，到底谁 是真凶，你可能永远都意想不到！

　　某个平静的早晨，一名腰绑炸药的犯罪分子闯入闹市区，绑架了人质，寻找一个谢元泰的人勒索钱财务。经过刑警队长江武等公安民警与犯罪分子寻找的谢元泰，化名张子贤潜回本市，开始策划更大的犯罪活动，里外勾结持枪抢劫了银行三百万元巨款，打死打伤数千人，并骗得刑警遗孀李群英的感情，在市内潜伏下来。在我公安民警的不懈努力下，案犯何改等被抓获，何改的弟弟因伤重被何改打死灭口，而年轻的刑警冠军也在抓捕何改时牺牲。
　　张子贤的行踪被发现，张子贤跳楼逃走，并再次诈死。同时，被抢的三百万块钱也不知所踪，张子贤身后隐藏更深的一个黑社会头目黄大康突然被绑架，一直对江武不太服气的刑警队长赵天虎此时行为诡秘……钱到底在谁的手里？赵天虎又是怎样一个人？黄大康被谁绑架了？拒绝了刑警郝树的爱情，爱上罪犯的李群英，命运又如何呢？……

　　三十年代的中国上海。既有当时世界最先进的科学事物也有几千年遗留下来的迷信。既有一夜成为巨富的，身败名裂铤而走险的也不在少数。正是一般民众迷失在每天营营役役过日子的时代，也是发生各种千奇百怪的事情的最佳孕育的地方。全透过主角成思罕以侦探推理科学方式破案而解开常人不能理解之谜。说明以科学大胆假设，小心求证是对付无知和迷信的克星。 共分十个小故事，每个故事两集。人物相连而故事独立。可作为十个系……
　　(1)长生酒店(茉莉花香)
　　一个传说中能替人解决生死问题的地方。去的人不是为了要求延寿就是要求帮助结束生命(自己的或别人的生命)。上海首富邓立人就曾经在友好面前承认曾到过那里几次，当然都是结束别人的生命。但是死亡者都是死于疾病，并无谋杀的证据。不过最后他却接到了长生酒店的请柬，因此被害。记者丁虹冒险报导，也因此遇险。神偷太子被认为是最有嫌疑，成思罕终于解开到邓立人和其它人的失踪之谜，并因此获得了太子生死之交的友谊。
　　(2)恐龙蛋
　　在历史博物馆展出的恐龙蛋被盗，有证据显示这千年化石还有生命的痕迹。不久坊间传出恐龙出现,且发生有人被分尸和财物被毁之惨剧，种种证据皆证明是恐龙所为。这使得全市民众以为大难临头，惶恐不可终日。成思罕凭他过人的机智和丰富的学养，加上丁虹，太子的协助，抽丝剥茧的把背后的真相找到，解开史前生物出现之谜。
　　(3)复仇女神
　　一部名为《复仇女神》的电影引起了掀然大波。多名观众在看完电影之后，情绪低落。电影公司老板也相继自杀，连丁虹在看完后居然也差点需要接受心理辅导。成思罕终于找出了个中原委，并揪出了幕后的阴谋者。
　　(4)最后的赌王
　　小刀党和徐汇帮为了争取控制十六铺大动干戈。决定进行赌王对决。为了赌王龙霸天东山复出，上海发生了一场腥风血雨。幸好成思罕及时揭穿了龙霸天之能够逢赌必胜的秘密，是利用魔术帮助，上海才免除了屠城之灾。
　　(5)孪生继承人
　　巨富陈正豪遗言要儿子陈千山找到失散多年的孪生弟弟陈万水方可继承遗产。就在弟弟陈万水被找到之后的第二天，哥哥陈千山却意外毙命。弟弟陈万水除了继承所有财产以外，也和哥哥陈千山的未婚妻谈起恋爱。另一个自称是真正弟弟陈万水但相貌明显不同的人突然出现，声言之前找到的弟弟是假冒的，并且是杀害哥哥的凶手，使事情峰回路转。要不是成思罕的插手，迷团永远无法解开。
　　(6)疯狗
　　疯狗不是一条狗，是一个人，是上海滩出名的打手。只要有人得罪了他，他就会像一条疯狗一样，毫不留情的对付对方。每个月都会有人遭他毒手，但除了像被狗齿噬过之外，都没有留下其它证据。成思罕却发现在疯狗杀人的背后，是一个悲惨的故事。他只不过是一条身不由己，被人在背后操纵的疯狗。 (
　　7)歌声魅影
　　一名正如红日方中的年轻美丽女歌手黄莺忽然失踪，怀疑已遭杀害。但是她的歌声却上了她妹妹的身。一切线索皆指向其经理人和妹妹合谋。此时，成思罕找到了女歌手，证明她没死。妹妹却被人毁容。她为何会发生如此惨剧？女歌手又为何失踪呢？过程匪夷所思。
　　(8)乌鸦与喜鹊
　　与丁虹齐名的专栏作家乌鸦被毒害，遗言请丁虹揭发银行亏空阴谋。太子因而被枪伤，银行董事长自杀。成思汗从银行收藏之古董查起，发现端倪。矛头终于指向童老板。
　　(9)十面埋伏
　　这次是成思罕他自己被牵涉到一宗谋杀案里面。他被发现手持凶器，和受害人同时昏倒在一个房间里面。而这个人，又是曾经几次对成思罕不利的变态者。成思罕更被发现是嗜毒者，所有的证据都对他不利，甚至连成思罕自己也承认，从证据来说，是足够把他定罪了。他虽然身陷牢狱，藉丁虹和太子之助，成思罕终于成功洗脱嫌疑，也使他决心要和上海的地下皇帝周旋。
　　(10)正邪对决
　　童老板是上海滩的地下皇帝，他一方面操纵黑道，收买官员而控制上海的经济，另一方面却又是地方最大的慈善家。民众被蒙骗而不自知。当丁虹，太子和成思罕联合起来，还被舆论攻击。黎探长还因此被偷袭。最后成思罕找到了充分的证据证明童老板是上海罪恶的主谋，让黎探长把他绳之以法。童老板自焚而死。

　　风华房地产公司财务部总监苏野美神秘失踪，与此同时，该公司因为尔债而被债权方熊斗推上法庭，总经理邵青云拒不出庭，并离家出走消息沓无，风华公司败诉，法院怀疑邵青云与苏野美有共同诈骗罪嫌疑而下了逮捕令，将闻风而逃的邵青云在机场抓住。邵青云的妻子夏飞雪不相信自己的丈夫与苏野美同流合污，与暗暗深爱自己的风华公司律师马长辉决定去苏野美的老家广州寻找其踪迹。然而他们却没想到自己的一举一动，都在另一个神秘人物的视线中。而熊斗的被杀，更令有杀人嫌疑的夏飞雪在警方的追踪中，无处可藏。夏飞雪想抓住逃匿的苏野美，证明自己最亲者的无罪！然而，她大错特错！当她义无返顾地要求寻找苏野美，在经历了可怕的爱子被绑架事件，可叹的年轻刑警为了解救自己献出生命。可敬的伙伴身患绝症而一路同行—— 等等之后，她的证明得出了结果她惊呆了，她的行动迫使要被她证明清白的对象作出了一个个凶狠的反击！

　　本剧选取了10个具有代表性的真实女性刑事案件的侦破过程。该系列剧每两集讲述一个案件的侦破过程，故事来源于全国各地女性犯罪的真实案卷，题材涉及网络谋杀、老年人犯罪、买凶杀人、为情失足、跨国绑架等不同种类的案件，故事情节曲折分享者影视，悬念迭起，扣人心弦，通过影视剧展现现代女性在情欲中挣扎，在自我奋斗中的迷茫，在理智与杀戮边缘的徘徊，最终走向毁灭的心路历程。