几位制片人透露，编剧组目前已经制定出完整的「第二季剧情线索蓝图」。第一季结尾留下了很多疑问，其中最大的一个是：究竟存在多少个平行世界？Olivia已经亲身经历了其中的一个，她还会经历另一个吗？大多数DC漫画中所描述的「无限地球」概念（Infinite Earths），会出现在《危机边缘》中吗？
　　显然不会。Jeff Pinkner明确否认本剧存在「主地球」、「地球2」、「地球3」这样的概念。《危机边缘》的故事空间仅仅限定于「我们的世界」和「另一个世界（平行世界）」。换句话说，本剧只存在两个世界，不会有来自1000个不同世界的Peter组成「Peter大军」。Alex Kurtzman说，他没料到编剧组会那么早引入平行世界这个概念，这完全出乎他当初的设想。
　　当有人问「本剧是否有抄袭《X档案》的嫌疑」时，Robert Orci笑称，当他们制作《双面女间谍》（Alias）时，别人说他们抄袭《谍中谍》（Mission Impossible）；当他们制作《谍中谍3》时，别人又说他们抄袭《双面女间谍》，让人哭笑不得。别人要怎么说，也只能由他们去说了。
　　当有人询问Olivia与各种边缘案件有何联系时，Anna Torv说：「我不清楚，因为他们（编剧组）也不清楚。」至于Olivia为什么从当初的「意志坚定」变成「处处怀疑自己」，Anna Torv说，那是因为Olivia在梦中见到自己杀人后产生了恐惧感。
　　Joshua Jackson则介绍说，第二季将部分揭示Peter的过去。第一季的主要人物关系是「Peter和Walter的关系」，第二季也差不多。有人立刻问了一个让全场观众尖叫的问题：Peter和Olivia会产生爱情吗？那会给他们的调查工作带来麻烦吗？John Noble立刻接过话筒给Joshua Jackson下台。他说，Peter第二季会和Walter讨论这个问题，而Walter会劝导Peter：放宽心，不会有影响的。
　　John Noble还畅谈了他对Walter这个人物的看法。他说，他不认为这个角色「与众不同」，但是他也不清楚这个角色的底线究竟在哪里。Walter的一些行为是「自然而然」的，他甚至不知道自己「有幽默感」。
　　Jasika Nicole则谈到，她的角色一天到晚和Walter待在一起，是因为她喜欢他。而她作为一个「万事通」，对Walter的研究工作也很有帮助。
　　关于新季，Roberto Orci拐弯抹角说了一大堆废话，Alex Kurtzman则很干脆地说了一句话：「战争即将来临。」
　　有观众问，为什么将William Bell的办公室设在世贸大厦双子座？两位制片人回答：这年头要让人相信「平行世界」的存在，还有什么比世贸双子座更有说服力的呢？除此之外，平行世界里的世贸双子座还有强烈的隐喻义：它们代表一个人不同的「两面」。由于世贸大厦双子座是比较敏感的话题，制片公司和剧组反复协商了多轮才最终敲定。
　　有观众问，我们已经知道Peter来自另一个世界，那个世界的Walter是否会设法把他弄回去？「那个Walter」就是Walter在精神病院里看见的「幻影」吗？狡猾的制片人连说三个单词：「Yes, No, Maybe.」
　　有观众问，平行世界里的人物会出现吗？Anna Torv开玩笑地说，Olivia和平行世界里的Olivia保持着电子邮件和电话联系，正迫不及待地要见上一面。Roberto Orci一反常态，用很严肃的口气说：「那是相当有可能的～」没法判断他是在开玩笑还是说真的。
　　有观众问，William Bell（Leonard Nimoy）第二季会是常规角色吗？Jeff Pinkner回答，Leonard Nimoy想出现多少次都可以，全凭他自己决定。我们可能会再见到他，可能不会立即发生，但他的存在将影响一切后续剧情。
　　有观众问，第一季结尾时，William Bell办公室的一张报纸显示，奥巴马搬进了「新白宫」。那是否意味着平行世界里世贸大厦被保留下来，而白宫被撞毁了？答案是……没错，「这就是阴和阳的关系」。
　　有观众问，你们的灵感是哪儿来的？Roberto Orci哈哈大笑：「报纸上，新闻里，科学版（或者与科学有关的部分）。」
　　制片人还证实，他们将逐渐「放弃」被称作「The Pattern」的东西。你可能也注意到了，在第一季的后半段，「The Pattern」这个名词提得很少。本剧将向「角色驱动」的方向发展，而不会过多地纠缠于「The Pattern是什么东西」，「The Pattern该怎么解决」。
　　该剧剧组已整体搬迁到加拿大的温哥华，不会再回到纽约。
　　第二季将于9月17日播出，固定档期已由原来的星期二改为星期四。

　　一架从汉堡飞往波士顿航班安全着陆，飞机上的机组成员和乘客却全部死亡。这起离奇案件揭开了一连串奇异、危险事件的序幕。
　　FBI女探员奥莉维亚•德纳姆（Anna Torv 安娜•特弗 饰）精明干练，她刚刚和同事约翰•斯科特（Mark Valley 马克•维利 饰）确立恋爱关系，然而却在某次调查中痛失爱人。奥莉维亚随后被招入专门负责离奇案件的“边缘档案部门”。在此之后，各种匪夷所思事件接连发生，种种迹象表明，这一切似乎与被世人称为“当代爱因斯坦”的沃尔特•贝肖普博士（John Noble 饰）以及资力雄厚、背景神秘的巨力公司有关。随着调查的深入，事件背后的黑幕和秘密逐渐显露出来……

　　随着Peter进入末日机器并将两个世界融合在一起，表面的危机似乎解除，但是Peter却被时间线所抹杀。两个世界的人一边要消除与对方之间的隔阂，一边针对两个世界之间不减反增的潜科学案件，神秘莫测的观察者神出鬼没也给众人留下众多疑问，又是什么在黑暗中操控着这一切呢？

　　该剧根据弗兰克·塔利斯的小说改编，由《神探夏洛克》的编剧史蒂芬·汤普森负责撰写剧本，故事设定在20世纪的维也纳，讲述师从弗洛伊德的年轻医生Max协助奥地利警探Oskar破案的故事。Max对于人类行为的深入理解，让他为一些神秘莫测的案件提供了不一样的侦破角度。

　　Vienna Blood is set in 1900s Vienna: a hotbed of philosophy, science and art, where a clash of cultures and ideas play out in the city’s grand cafes and opera houses.
　　A brilliant young English doctor Max Liebermann (Matthew Beard) and Detective Inspector Oskar Rheinhardt (Juergen Maurer) investigate a series of unusual and disturbing murders. Max’s extraordinary skills of perception and psychology and Oskar’s forceful tenacity lead them to solve some of Vienna’s most mysterious and deadly cases.

　　该剧根据贾斯汀·塞洛克斯的舅舅保罗·塞洛克斯创作的同名小说改编，讲述一名理想主义者（贾斯汀·塞洛克斯 饰）携全家定居在拉丁美洲的蚊子海岸，开辟了自己的乌托邦城市。而一场抢劫让一切毁于一旦。

　　Allie, Margot, Dina and Charlie continue their adventure on the lam, as they make their way through the Mexican rainforest and ultimately land in a seemingly idyllic community called Casa Rojas, led by the resolute Isela. While each person grapples with their own journey and acclimate to their new lives “off the grid,” they soon discover that Casa Rojas breeds its own dark secrets and agenda.

　　这间收容所中都是身患绝症的年轻人，有八名病人每天午夜聚在一起分享故事，并约定无论谁先死，都要给这个团体捎来另一个世界的信息。本片改编自克里斯多佛·派克于 1994 年发布的同名小说以及其他作品。

　　《午夜弥撒》由《鬼入侵》创剧人迈克·弗拉纳根倾力打造，故事背景设定在与世隔绝的小岛社区，身败名裂的年轻人（扎克·吉尔福德饰）再度回归，同时一名魅力非凡的牧师（哈米什·林克莱特饰）到访，加剧了这个社区的分裂。当保罗神父出现在克罗克特岛时，恰好发生了一些无法解释、不可思议的事件，令这个社区重新燃起了对宗教的狂热，但这些奇迹是否伴有相应的代价？

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。                                                                      　　调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。案情愈加扑朔迷离……

X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。                                                                      　　某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。                                                                      　　在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰），表面上是协助穆德工作，实际上是希望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以及两人交往的加深，穆德和斯科莉最终变成可以为对方出生入死的可靠伙伴……                                                                      　　本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项。

The continuing search for Jeremiah Smith leads Scully to uncover encrypted data files whose purpose is not yet known. Being closely hunted by an unknown assassin, Jeremiah leads Mulder to a secluded farm in rural Canada while men in suits determine Mrs. Mulder's fate.

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。