女主角柚是一位狐狸娘在“此花亭”作为服务生打工居住，此花亭内还有其他作为服务生的狐娘前辈们，而这家温泉旅馆的客人都是各路熟客神仙，只有拥有「票据」的客人才能进入，而狐娘们的热情周到的服务以及狐娘之间的友谊治愈人心。

　　在散发着青春朝气的圣条学院，高一新生井上心叶（入野自由 配音）偶然结识了高二前辈天野远子（花泽香菜 配音），由此加入了天野担任部长只有她一名成员的文学部。天野是个奇怪的女孩，文学对她来说就是味道不同的食物，她拒绝着写满文字的纸片，动人优美的笔触甘之若饴，糟糕的文字则如鲠在喉却不忍弃之。除此之外，他们还面对全校开展代写情书的业务，只不过应者寥寥。这一天，信箱里收到久违的信件，可是纸上却只有一幅涂鸦。经过查询，那个涂鸦竟然来自诗人兼童话作家宫崎贤治。看似是一桩恶作剧，但却勾起了心叶对天才文学少女井上美羽和那名自杀女孩的痛苦记忆……
　　本片根据野村美月的轻小说改编。

　　木之幡米拉（高柳知叶 配音）曾经和一个男孩许下了“寻找小行星”的约定，随着时间的而流失，虽然米拉和这个男孩早已经没有了任何的联系，但这个约定却依然被铭记在米拉的心间。
　　为了完成约定，升上高中的米拉加入了学校的天文社，哪知道为了节省社团经费，天文社竟然于今年同地质社合并，变成了地学社。个性老实，沉默寡言，甚至有些害羞的真中苍（山口爱 配音）、虽然身为学姐，但却异常柔弱的猪濑舞（指出球亚 配音）、常常因为过于认真的性格而被别人误以为在生气的樱井美景（东山奈央 配音）、性格大大咧咧，总是活在自己的世界里的森野真理（上坂堇 配音），对于天空的热爱将这些个性迥异的女孩联结到了一起。

　　在这个灰暗宁静的城市里，住着一群生长着灰色羽翼的孩子们，有一个名为“灰羽联盟”的机构在暗中庇护着他们不受到外界侵扰，就这样，沉默的孩子们每一天都过着平静的日子。他们是谁？来自哪里？背后的翅膀有何含义？孩子们一概不知，他们诞生在此，成长在此，没有亲人，没有故乡，甚至没有回忆，他们唯一知道的事情是，只要永远的生活在这栗城里，他们就会是安全的。
　　这一天，孩子们迎来了他们新的成员落下（广桥凉 配音），作为前辈，空（矢岛晶子 配音）、光（折笠富美子 配音）和砾（野田顺子 配音）怀着喜悦的心情接受了她的到来。而这仅仅是故事的开始，慢慢的，当这些善良单纯的孩子们知道了一切的真相，她们还能够展开灰色的翅膀离开栗城，飞向天空吗？

　　这是一个人人都可以成为魔法使的世界，只要办理了相关的手续，每个人都可以合法的使用魔法，让生活更加便捷。但是，魔法使分为见习和正式两类，见习魔法使唯有遵循魔法守则，好好修炼，多多利用魔法帮助他人，才有机会转正。我们的主角，天正可爱的少女菊池梦（宫崎葵 配音）就是这样一位善良的见习魔法使。
　　为了接受魔法使的训练，梦从家乡来到了东京。繁华的大城市让她眼花缭乱，幸亏路人的相助，梦才得以找到自己的导师小山田雅美（诹访部顺一 配音）。为什么要使用魔法？魔法究竟带来的是幸福还是灾难？带着这些疑问，梦开始了自己的魔法修行，在经历了世间种种的悲欢离合后，梦逐渐的明白了魔法存在的意义。

　　近未来的日本，一个叫做“疏濑”的城市中，市民过着平凡的生活，只不过，在城市的一角，山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂，每天固定时刻，那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽。
　　小学6年级学生直太，与高中女生真见美，直太那个留学的哥哥的女友，一起在河边打发时间。本该是继续平凡的日子，随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驶的电车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角！而睛子居然成为直太家的佣人进入了直太家。睛子的秘密与她口中常念起的“FLCL”的含义，令直太的生活有了翻天覆地的改变。