魔術によって人形に生命を吹き込み操る機巧魔術を扱う人形使い、その頂点――「魔王」を決める戦い「夜会」。                                    
                               　　機巧都市リヴァプールのヴァルプルギス王立機巧学院で開かれるそれに参加するため、人形使いの少年・赤羽雷真とその自動人形の少女・夜々は日本から留学してくる。しかし、雷真の成績は「下から二番目」であり、「夜会」に参加することはできない。参加資格を得るために雷真たちは動き出すが、学院の裏では自動人形を襲う「魔術喰い（カニバルキャンディ）」の影が蠢いていて……。                        

　　“我不是无所不知，但我知道阿良良木的事情。”完美无缺的班长羽川翼，在第二学期首日，受到一只巨虎瞪视——这是空虚的独白，无人聆听的告白……

剧情接《倾物语》，在与忍野忍结束时间跳跃后回到当代的阿良良木历，向八九寺真宵归还遗落在阿良良木家的背包后，在路上却遭到不明物「暗（くらやみ）」的袭击。危机之际，被斧乃木余切搭救。在「叡考塾」废墟中，小忍向历讲述了自己400年前在日本与第一任眷属的相遇和遭到「暗」的袭击的经过。
再次遭到「暗」袭击的历与小忍失去了联系，最后在神秘的卧烟伊豆湖的帮助下得知了「暗」的正体是追杀偏离了怪异之道的怪异的非存在，而追杀的目标不是小忍而是八九寺真宵。
由于母亲节时得到阿良良木历的帮助，真宵回到了自己的家，而此刻的真宵已经成佛，但是真宵却迟迟不去那个世界报到，依然留在这个小镇。让人迷路的怪异「迷牛」却不再让人迷路，真宵已经偏离了怪异之道，因此，「暗」出现了，要将八九寺以及目击到八九寺的人类全部吞噬。最后，为保全大家，真宵含笑成佛。

“明明是神，却是大骗子。”
曾经被蛇纠缠附身的少女──千石抚子。
纯白的使者，出现在心仪阿良良木历的她面前。
这名“使者”的真面目是……？
〈物语〉朝着最终章蜿蜒、交缠、进化──
这就是现代的怪异！怪异！怪异！
在陷阱之中，紧咬不放，感受你的存在。

「若能永远单恋……不觉得比两情相悦还幸福吗？」
为了保护阿良良木历，和神进行生命交易的少女──战场原黑仪。
约定「忌日」将近的寒假，她选择的是最黑、最恶劣的手段……
〈物语〉承受重压而轧轢、扭曲、哀号──
这就是现代的怪异！怪异！怪异！
青春，是为了和你相恋。

在暑假最后一天，为挽救暑假作业，阿良良木历和忍野忍借助积聚在北白蛇神社的怪异之力试图回到一天前，但是却阴差阳错地回到了11年前的母亲节前日。历所幸在母亲节那天挽救了本应死去的八九寺真宵，并把迷路的真宵带到了母亲的家。然而，当历和小忍回到原本的时间点却发现——此时全世界的人类都成为了僵尸。
事实上，无论是历和小忍回溯到的11年前，还是从11年前返回的世界，都是平行于原本世界的异世界。在这个异世界中，由于八九寺真宵没有死，也就没有幽灵真宵发现从「叡考塾」废墟出走的小忍的事（6月14日），小忍也就没有找到历，更没有机会躲进历的影子里，最后历被黑羽川杀死。历死后的小忍取回了全盛时的力量，恢复为姬丝秀忒·雅赛劳拉莉昂·刃下心。
姬丝秀忒想要把全世界的人都变成她的眷属吸血鬼，然后毁灭世界。但是400年才造出两个眷属的姬丝秀忒没能成功制造出大量眷属，而是制造出处于完全暴走状态的僵尸。姬丝秀忒仅用了五天就毁灭的世界（实际上仍有少部分人幸存）。只要杀死姬丝秀忒僵尸化的人类就可以变回人类，为此影缝余弦和贝木泥舟还联手攻击姬丝秀忒，但遭全灭。看到人类灭亡之后的姬丝秀忒，选择纵身到太阳底下，但却自杀失败。
当姬丝秀忒看到异世界的自己和历如此亲近时，喜极而泣，最后牺牲自己助小忍和历回到原本的世界——小忍通过吸取姬丝秀忒的血液获取了穿越时空的灵力。

故事背景为“灵祸”频发、阴阳师活跃于世的现代，16岁高中生土御门春虎（石川界人 配音）生于阴阳师世家土御门，虽为名门子嗣，他运气极差，且毫无天赋，自认为不适合成为阴阳师，和好友冬儿（木村良平 配音）无所事事度过每一天。他的青梅竹马土御门夏目（花泽香菜 配音）则是土御门下一代当家，她天赋异禀，认真负责，有着极高的担当继承人守护家族的觉悟。                                    
                               　　时值暑假，夏目自东京归来。不久，“十二神将”之一、被称为“神童”的大连寺铃鹿引发了“泰山府君祭”事件。在混乱战斗中，春虎失去了亲友北斗，痛定思痛的他决定成为夏目的式神，重返阴阳师之路。