这是人类的体内。
　　许许多多的细胞勤奋工作的世界。
　　某日白细胞(中性粒细胞)与红细胞，遇见了收留迷路乳酸菌的一般细胞。为了将乳酸菌护送至同伴身边，白细胞(中性粒细胞)与一般细胞向肠道出发。
　　然而他们却与来者不善的最强敌人重逢。
　　「我和你们到底谁才是正义的一方，趁这次弄个清楚吧」
　　再次现身的癌细胞。以及遭到坏菌破坏的肠内环境。
　　体内遭遇前所未有的大危机！？
　　「束手就擒吧 癌细胞！」
　　为了守护这个世界，白细胞们(中性粒细胞)向赌上世界命运的大战发起挑战。

　　真历17年，第三银河帝国正式创立。地球上占七成人口实现外星移民，而人类社会也分裂成幼军政府成立的多尔西亚军邦和扩大贸易协定的环大西洋条约组织ARUS。两大势力此消彼长，纷争不断。在此期间，崇尚和平的中立国家迪奥尔独善其身，却不免被卷入战火的命运。在平静的一天，迪奥尔星遭 到多尔西亚突袭。性情温和的少年时缟晴人（逢坂良太 配音）目睹心仪的女孩指南翔子（濑户麻沙美 配音）被炮火埋葬，悲愤之际登上了意外从校舍下方突出地面的神秘机器人Valvrave，并以雷霆万钧之势击败对手。在此之后，晴人被世人奉为偶像和英雄，但他的身体也发生奇怪突变，一度和多尔西亚的一人旅团少年艾尔艾尔弗（木村良平 配音）交换身体。
　　战火并未就此停止，多尔西亚的攻势仍在继续，而Valvrave的秘密还未完全揭开……

　　故事发生在遥远的未来，彼时，地球已经被人类所制造的污染破坏殆尽，更有污染产生了邪恶怪兽横行占领了人类的生存空间。无奈之下，人类只能移居到了拥有独立意识的“自律型移动都市”之中，而这些都市之间，则为了争夺少之又少的资源而展开了激烈的争斗。
　　在学院都市洁儿尼中发生了一场骚乱，刚刚入学就读于普通教育系的新生雷冯（冈本信彦 配音）在混乱之中展现了自己出色的应变和战斗的能力，因此被学生会长发掘，转入了武技系，更获得了加入都市护卫第十七小队的资格。外冷内热沉默寡言的菲丽、恪尽职守坚韧强悍的妮娜、个性轻浮但十分可靠的夏尼德，这些奋战在前线的伙伴们，为了守护他们赖以生存的都市，甘愿付出血的代价。

　　電脳仮想空間（ディメンション）内で、ガンプラを使用した様々なミッションを楽しめる最新ネットワークゲーム「ガンプラバトル・ネクサスオンライン（ＧＢＮ）」。中学生のミカミ・リクと親友のヒダカ・ユキオは同級生のヤシロ・モモカを巻き込んで、その広大な世界へと飛び込んだ。ＧＢＮ内の住人「ダイバー」となった彼らは、ガンプラに対する不思議な感性を持つ少女サラと出会い、彼女と共に行動することになるが......。
　　リクにとって憧れのチャンピオン「クジョウ・キョウヤ」を始めとした有名ダイバーの存在。複数のダイバーで構成された部隊システム「フォース」の結成。非公式ツール、ブレイクデカールを扱う「マスダイバー」達による妨害。多くの出会いと経験を経て、リク達はガンプラだけでなく、自らの冒険をもビルドしていく！