故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。
　　然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。

　　星元122年――
　　在众多企业扩展到宇宙并构筑巨大经济圈的时代，
　　有一名少女自边境地区·水星转来MS产业的最大企业“贝纳里特集团”旗下所经营的“阿斯提卡西亚高等专门学园”。
　　她名为苏莱塔·墨丘利。
　　内心纯真的少女随着胸口鲜红的闪烁亮光逐步迈向新世界。

未来世界，公安局刑事课借助西比拉系统对人类的精神状态进行检测，将相关信息转化为数据后作为评判管理国民的标准，这种措施早已成为常态，不容置喙。                                    
                               　　2112年，被分配到刑事课一系的新人监视官常守朱（花泽香菜 配音）和执行官狡噛慎也（关智一 配音），在追查一连串的神秘事件过程中与最强的对手槙岛圣护实现了宿命的对决。终极对决后，践行了长久以来所笃信的正义的狡噛，也从常守朱的视线前消失无影。                                    
                               　　时间到了2116年，日本政府前面向世界各个动荡的国家输出西比拉系统和无人机器人多隆，系统的视野逐渐向世界范围拓展。以SEAUn（东南亚联盟）为代表，这个长年出于战火下的国家，在采用西比拉系统后，于短时间内取得了久违的和平。谁知和平与恐怖如影随形。未过多久一群来自SEAUn的恐怖主义者悄然潜入日本，他们熟稔日本西比拉系统的漏洞，而此行的目的旨在摧毁日本的中枢。

　　1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。
　　2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金 田的职业高中学生。
　　突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。
　　铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。

　　「イロガラドラえもん」
　　「海に入らず海底を散歩する方法」
　　「22世紀で夏休み」

　　2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。

　　很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。
　　一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。
　　赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。
　　经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。
　　在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。
　　宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了  。

　　在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。
　　变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。

　　故事发生在名为鹿缟的城市中。因为同暗恋的女生神泉安菜（堀江由衣 配音）告白被拒绝，平凡的少年大佛弹（植田佳奈 配音）决定前往鹿缟山换换心情。没想到，这居然成为了改变大佛弹一生的一趟旅途。目击到外星飞船坠毁地球的场面的大佛弹成为了事故的牺牲者，为了挽救无辜，事件的始作俑者宇宙仁（藤原启治 配音）重塑了弹的身体。可是，恶趣味的仁擅自将弹的性别和外形转换成了女性！从此，弹将以女性的身份重新开始高中的学习。
　　塞翁失马焉知非福，变成女性的弹却意外的吸引了安菜的注意。不仅于此，就连亲梅竹马来栖泊（田村由加利 配音）也向弹发起了积极的进攻，一时间，曾经默默无闻的弹成为了热门人物。弹的真实身份会暴露吗？这三人间又将发展处怎样的关系呢？女生之间的感情，还是真是难以捉摸啊。